Вход в пещеру нашёл в 1961 году Гиви Смыр, который рассказал о своей находке спелеологам.

Новоафонская пещера имеет 4 входа, 3 из которых искусственные (в залах «Анакопия» и «Апсны» они входят к подземным железнодорожным станциям), а также специально пробитая из зала «Исчезающего озера» водоотводная галерея. Единственный естественный вход, через который первоначально и проникли в полость, можно увидеть в потолке зала «Анакопия». На поверхности этот выход примыкает к селу Эшера, в виде глубокого провала.

Одной из достопримечательностей зала «Анакопия» является озеро «Анатолия». Площадь озера 1000 м², глубина 26 м, температура воды 10 градусов Цельсия. Также в этом зале находится «Голубое озеро» размером 1250 м².

В честь пещеры в 1994 году назван один из кратеров на астероиде Ида, диаметром 0,8 км.

Ночной Афон