Основан в 1875 году монахами русского монастыря святого Пантелеимона со Старого Афона (Греция) при участии российского императора Александра III.

Место для строительства монастыря было выбрано в 1875 году по поручению афонских старцев. Вскоре монахами монастыря святого Пантелеимона со Старого Афона было начато строительство монастырского комплекса. Объём работ был колоссальным — для расчистки площадки необходимо было срезать часть горы и вывезти десятки тысяч тонн земли и горной породы.

Во время Русско-турецкой войны (1877—1878) монастырь подвергся разорению и разграблению.

В 1880 году было начато восстановление обители, продолжавшееся 20 лет.

Монастырь был построен у древнего храма апостола Симона Кананита, где под спудом почивают его святые мощи. Неподалеку от храма находится пещера, в которой, по преданию, уединялся и молился Симон Кананит.

До революции 1917 года Ново-Афонский монастырь был одним из главных духовных центров Кавказа.

В 1924 году монастырь был закрыт советскими властями за «контрреволюционную агитацию». Некоторое время обитель была заброшена, использовалась под склады, в 1960—1980-х годах использовалась для развлекательных нужд дома отдыха.

В период грузино-абхазского конфликта 1992—1993 гг. в монастыре размещался военный госпиталь. Возвращён верующим в 1994 году.