Расположен у впадения реки Вилии в Неман, вблизи Каунасского водохранилища, в 104 км к юго-западу от Вильнюса.

Первое упоминание в письменных источниках относится к 1361 году. Магдебургские права дарованы великим князем литовским Витовтом в 1408 году.

С середины XV столетия Ковно входил в Ганзейский союз и играл важную роль в экономике регионе Балтийского моря и Великом княжестве Литовском.

Из-за войн XVII—XVIII вв.ека Ковно пришёл в упадок.

В результате Третьего раздела Речи Посполитой в 1795 году город вошёл в состав Российской империи.

Экономическое положение постепенно улучшалось, но в 1812 году в ходе вторжения в Россию армия Наполеона переправлялась через Неман в районе Ковно и город понёс серьёзные разрушения.

В 1920—1940 годах «временная столица» Литовской Республики. В 1920 году в Каунасе был собран Учредительный Сейм, положивший начало законодательной системе государства.